La scomparsa di Emanuela Orlandi è avvenuta a poco più di un anno di distanza dall'attentato a Giovanni Paolo II, il 13 maggio del 1981. La vicinanza con questo evento ha spesso fatto pensare ad un collegamento fra i due eventi. Quando la ragazza è scomparsa, Giovanni Paolo II era papa da appena quattro anni. L'ipotesi presa in considerazione, a cui persino il papa stesso sembrava credere, è quello dello scambio fra Emanuela Orlandi e l'attentatore Mehmet Ali Ağca, un esponente del movimento nazionalista turco dei Lupi Grigi.
Nelle telefonate arrivate in Vaticano di cui abbiamo parlato in precedenza il mittente avrebbe proposto lo scambio: per anni questa persona è stata conosciuta come l'Americano, per l'accento anglofono. Non sappiamo cosa ci sia di vero in questa versione dei fatti: ad ogni modo Emanuela resta scomparsa e Agca in carcere. Proprio lui, Agca, in tempi recenti, ha inviato alla stampa internazionale una lettera in cui sostiene le condizioni di buona salute della ragazza: "È viva e sta bene da 36 anni, non è mai stata sequestrata nel senso classico del termine, ma è stata vittima di un intrigo internazionale per motivi religiosi e politici – raccontano le cronache del 2019 – Il governo vaticano non è responsabile, è la CIA che dovrebbe svelare i suoi documenti segreti".
Le sue parole sono chiare: "Basta con calunnie contro il prelato Marcinkus e Enrico de Pedis e altre persone innocenti, nessuna criminalità e nessuna sessualità c'entrano con il caso Emanuela Orlandi". Ovviamente anche su questo resta un enorme punto interrogativo.